CƠ SỞ DỮ LIỆU KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ TỈNH NGHỆ AN
Ngiên cứu đặc điểm hệ gen và xác định genotype (genotyping) một số virus RNA gây bệnh truyền nhiễm ở gia cầm tại Việt Nam
Vừa qua, nhóm nghiên cứu tại Viện Công nghệ Sinh học đã thực hiện đề tài: “Ngiên cứu đặc điểm hệ gen và xác định genotype (genotyping) một số virus RNA gây bệnh truyền nhiễm ở gia cầm tại Việt Nam” do TS. Lê Thị Kim Xuyến làm chủ nhiệm. Đề tài nhằm mục tiêu hoàn thành giải mã được toàn bộ hệ gen/các gen quan trọng của các chủng virus Gumboro (IBDV), virus Newcastle (NDV) và virus viêm phế quản truyền nhiễm (IBV) phân lập tại Việt Nam và phân tích đầy đủ đặc điểm sinh học phân tử nhằm xác định vị trí phân loại, chẩn đoán, phả hệ và di truyền phân tử, thực hiện dịch tễ học phân tử so sánh với các chủng của Việt Nam và của thế giới.
Sau 2 năm nghiên cứu (2017-2019), đề tài đã thu thập được: 26 mẫu virus Gumboro từ đàn bệnh để phân tích xác định virus cường độc và 02 mẫu vaccine Gumboro (2512 và Blue) cho công bố quốc tế, trong số gần 50 mẫu thu thập; một số mẫu cho công bố quốc gia; 08 mẫu virus Newcastle cường độc và 03 mẫu vaccine đang sử dụng đủ điều kiện cho công bố quốc tế, trong số trên 20 mẫu thu thập. Một số mẫu dùng cho công bố quốc gia; 08 mẫu virus viêm phế quản truyền nhiễm từ đàn bệnh trong số 15 mẫu thu thập được công bố. Sử dụng bộ Kit tách RNA tổng số RNeasy minikit của QIAgen, theo hướng dẫn của nhà sản xuất, đã tách RNA tổng số các mẫu virus thu thập được, theo từng nội dung nghiên cứu. RNA tổng số sau đó dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng RTPCR, hoặc được chuyển đổi thành DNA bổ sung (cDNA) sử dụng mồi xác xuất hecxamer của hãng Fermentas theo đúng hướng dẫn của nhà sản xuất. Sản phẩm cDNA được dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng PCR để khuếch đại gen đích phục vụ giải trình tự và phân tích đặc điểm chuỗi gen, gồm 3 nội dung nghiên cứu virus: Virus Gumboro (IBDV) ở gà; virus Newcastle (NDV) ở gà; virus Viêm phế quản truyền nhiễm (IBV) ở gà.
Về nội dung nghiên cứu gen học/định type và dịch tễ phân tử virus Gumboro (IBDV). Các sản phẩm RT-PCR/PCR được tinh sạch bằng bộ sinh phẩm QIAquick PCR purification Kit (QIAGEN)/AccuPrep Gel Purification Kit (BiONEER), sau đó giải trình tự trực tiếp bằng mồi xuôi và mồi ngược (đối với các sản phẩm PCR ngắn); hoặc bằng cách lao mồi (primer-walking) với các sản phẩm PCR dài để thu được các chuối nucleotide thô. Các chuỗi thô được xử lý bằng các phần mềm tin-sinh học, Chromas 2.6.6, Australia; và GENEDOC 2.7, để có được chuỗi cuối cùng. Các chuỗi cuối cùng thu nhận được được sắp xếp phân tích với các chủng IBDV trong và ngoài nước. Xác định được kích thước từng gen: VP2 (1356 bp); phân đoạn A (3039 bp); phân đoạn B (2829 bp), đã xác định trật tự sắp xếp gen bằng cách so sánh với các dữ liệu hiện có của các gen/hệ gen trong Ngân hàng gen./.
Thái Hương (TH)
Sau 2 năm nghiên cứu (2017-2019), đề tài đã thu thập được: 26 mẫu virus Gumboro từ đàn bệnh để phân tích xác định virus cường độc và 02 mẫu vaccine Gumboro (2512 và Blue) cho công bố quốc tế, trong số gần 50 mẫu thu thập; một số mẫu cho công bố quốc gia; 08 mẫu virus Newcastle cường độc và 03 mẫu vaccine đang sử dụng đủ điều kiện cho công bố quốc tế, trong số trên 20 mẫu thu thập. Một số mẫu dùng cho công bố quốc gia; 08 mẫu virus viêm phế quản truyền nhiễm từ đàn bệnh trong số 15 mẫu thu thập được công bố. Sử dụng bộ Kit tách RNA tổng số RNeasy minikit của QIAgen, theo hướng dẫn của nhà sản xuất, đã tách RNA tổng số các mẫu virus thu thập được, theo từng nội dung nghiên cứu. RNA tổng số sau đó dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng RTPCR, hoặc được chuyển đổi thành DNA bổ sung (cDNA) sử dụng mồi xác xuất hecxamer của hãng Fermentas theo đúng hướng dẫn của nhà sản xuất. Sản phẩm cDNA được dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng PCR để khuếch đại gen đích phục vụ giải trình tự và phân tích đặc điểm chuỗi gen, gồm 3 nội dung nghiên cứu virus: Virus Gumboro (IBDV) ở gà; virus Newcastle (NDV) ở gà; virus Viêm phế quản truyền nhiễm (IBV) ở gà.
Về nội dung nghiên cứu gen học/định type và dịch tễ phân tử virus Gumboro (IBDV). Các sản phẩm RT-PCR/PCR được tinh sạch bằng bộ sinh phẩm QIAquick PCR purification Kit (QIAGEN)/AccuPrep Gel Purification Kit (BiONEER), sau đó giải trình tự trực tiếp bằng mồi xuôi và mồi ngược (đối với các sản phẩm PCR ngắn); hoặc bằng cách lao mồi (primer-walking) với các sản phẩm PCR dài để thu được các chuối nucleotide thô. Các chuỗi thô được xử lý bằng các phần mềm tin-sinh học, Chromas 2.6.6, Australia; và GENEDOC 2.7, để có được chuỗi cuối cùng. Các chuỗi cuối cùng thu nhận được được sắp xếp phân tích với các chủng IBDV trong và ngoài nước. Xác định được kích thước từng gen: VP2 (1356 bp); phân đoạn A (3039 bp); phân đoạn B (2829 bp), đã xác định trật tự sắp xếp gen bằng cách so sánh với các dữ liệu hiện có của các gen/hệ gen trong Ngân hàng gen./.
Thái Hương (TH)
Ý kiến bạn đọc
Bạn cần đăng nhập với tư cách là Thành viên chính thức để có thể bình luận
